「スターレンタルサーバー」への移管後にjsファイルが機能しない

• 「スターサーバーフリー」のサービス終了に伴い、それまで当サーバーを使用していた私の個人サイトの、「スターレンタルサーバー」への移管作業を本日行い、新URLでの動作確認を実施しました。
• ページ内のリンクや、cssは問題なく動作することを確認したものの、「custom.js」に記載した挙動(サイドバーを固定する、等)が一切反映されていなかったです。つまり、jsファイル自体が読み込まれていない可能性が高いです。
• 「スターレンタルサーバー」では、ffftpを使用してファイルをアップロードする際、「public.html」内に格納する必要があるといったルールがあるものの、各htmlファイルに対する「custom.js」の相対パスに変化はございません。(例えば、「index.html」から読み込む場合、同階層に「scripts」フォルダがありその中に「custom.js」があるため、相対パスは"scripts/custom.js"のまま変わらない。)

こちら、どのようにすればjsファイルが動作するようになるかご存じでしょうか。