php.iniの設定について（旧スターサーバー）

お世話になっております。

旧スターサーバにおけるサーバ管理ツールでは、以下にあるようにドメインごとにphp.iniの設定が可能とあります。
https://www.star.ne.jp/old/manual/homepage_phpini.php

この設定について調べてみたところ、この設定の実体はホームページのドキュメントルート直下に.user.iniを設置することで行っているようです。

それとは別に${HOME}/ドメイン名/php/php.iniにも同様の設定ファイルが置いてあるようです。
このphp.iniはどのような操作をするときに反映されるものでしょうか。
また、これに関して記載されているドキュメント等があればご教授いただきたいです。

私の現状の認識では、cronで以下のようなコマンドをジョブ実行する際のパスを通すために利用するのかなと思っています。

/usr/bin/php8.2 -c ${HOME}/ドメイン名/php/php.ini ${HOME}/test.php